Khi tham gia vào quá trình hoạch định chính sách, cán bộ NGO có một sứ mệnh rõ ràng, sắc nét và mạnh mẽ trên vai, đó là thay đổi chính sách để làm sao giải quyết các vấn đề đói nghèo, ô nhiễm môi trường, bất bình đẳng giới, hoặc bảo vệ quyền con người. Tuy nhiên, đa số họ là những người làm phát triển, chứ không phải là chuyên gia kinh tế, xã hội, luật, hoặc hoạch định chính sách. Hàng ngày, họ bị hút vào trách nhiệm quản lý hành chính, kế hoạch, báo cáo, tiến độ dự án hơn là vấn đề chuyên môn kỹ thuật. Chính vì vậy, góp ý của họ không toàn diện, thường tập trung đảm bảo sứ mệnh của tổ chức mình được thể hiện rõ ràng trong văn bản pháp luật.
Một ví dụ điển hình là Nghị định 151-2007-NĐ/CP về tổ chức và hoạt động của tổ hợp tác. Nhiều tổ chức phi chính phủ, cả Việt Nam và quốc tế, hỗ trợ Bộ kế hoạch và đầu tư xây dựng nghị định nhằm mục đích giúp cho các hình thức tổ chức của người dân ở cộng đồng, cả về kinh tế và xã hội, hoạt động được thuận lợi và hiệu quả hơn. Bộ Kế hoạch và Đầu tư quan tâm đến các tổ chức hợp tác vì mục đích kinh tế, còn các Tổ chức phi chính phủ quan tâm vì khía cạnh xã hội, dân sự và từ thiện. Về bản chất, đây là hai loại hình tổ chức hoàn toàn khác nhau, tồn tại vì những mục đích khác nhau, hoạt động trên những triết lý khác nhau. Chính vì vậy việc gộp chung đã tạo ra vấn đề ngay từ đầu. Với các tổ hợp tác kinh tế, điều họ cần là có tư cách pháp nhân (con dấu và mở được tài khoản) để từ đó tiếp cận được vốn ngân hàng và ký hợp đồng giao dịch với đối tác. Các tổ hợp tác mang tính xã hội, dân sự như hụi, họ, câu lạc bộ đồng niên, hoặc tổ chức hiếu hỉ thì việc tự do thành lập, tự do hoạt động và tự do giải thể khi sứ mệnh của họ đã hoàn thành là điều quan trọng nhất.
Sau nhiều nỗ lực nghiên cứu, hội thảo và vận động, Bộ kế hoạch và đầu tư đã ra ra nghị định 151 trong đó quy định các Tổ hợp tác cần đăng ký với UBND xã để có tư cách pháp nhân. Tuy nhiên, Tổ hợp tác không có con dấu riêng và không có tài khoản riêng để vay vốn ngân hàng và giao dịch với đối tác. Như vậy, Nghị định 151 không đáp ứng được nhu cầu của các Tổ hợp tác làm kinh tế cũng như “thừa” với các tổ chức cộng đồng hoạt động xã hội và từ thiện. Chính vì vậy, sau nhiều năm ban hành Nghị định hầu như không “đi vào cuộc sống”.
Một số tổ chức NGO khi thấy Nghị định không phát huy tác dụng, cho rằng người dân không biết về Nghị định để áp dụng, nên đề xuất đưa ra chương trình tuyên truyền rộng rãi cho nhân dân. Điều này là sai lầm vì nghị định không có tạc dụng vì nó không giải quyết nhu cầu của Tổ hợp tác. Hơn nữa, nếu một chính sách hoặc luật pháp có lợi cho người dân, không cần phải đợi tuyên truyền về văn bản, chắc chắn người dân sẽ áp dụng ngay lập tức.
Qua ví dụ này ta thấy các tổ chức NGOs không có chuyên môn sâu về kinh tế hợp tác, hoạt động của xã hội dân sự ở cộng đồng, hay chính sách nên đã vận động ra một văn bản pháp luật không phù hợp với nhu cầu của người dân. Điều này không phải đơn lẻ, nó cũng hay xảy ra trong các lĩnh vực khác. Do không nắm vững chuyên môn nên các NGO chỉ có thể nói chung chung, chứ không đưa ra được các khuyến nghị cụ thể, áp dụng trong thực tiễn.
Có thể nói, sức mạnh cạnh tranh của NGO không phải là kiến thức kỹ thuật hoặc kỹ năng lập pháp. Thế mạnh của NGO chính là đưa tiếng nói của người dân vào quá trình lập pháp, giúp họ hiểu nội dung luật và phân tích xem nó có phù hợp với nhu cầu cuộc sống hay không. Qua đây cho thấy, NGO nên tập trung vào việc tổ chức nhân dân, nâng cao năng lực và kỹ năng cho họ, và đưa họ tham vào vào các không gian quyền lực cũng như quá trình vận động chính sách. Đây chính là điều nhà nước cần, nhân dân có quyền, và NGO làm đúng việc của mình.